A coisa mais segura a fazer é provavelmente ter as partições NTFS montadas como somente leitura e usar um pen drive USB ou uma partição formatada em FAT32 para transferir dados, isso deve evitar qualquer tipo de corrupção.
O arquivo que determina quais sistemas de arquivos são montados no momento da inicialização é /etc/fstab e lista o nome do dispositivo (partição) do sistema de arquivos, o ponto no sistema de arquivos em que é montado (ex: "/ mnt / Windows") e várias opções que pode ser passado para o driver do sistema de arquivos.
Existe um programa chamado PySDM que pode editar o arquivo para você, e aparentemente você pode obtê-lo para o Linux Mint em esta página .
Usando a imagem abaixo como exemplo, você precisará examinar a lista de partições até encontrar as partições relacionadas à instalação do Windows (verificando os pontos de montagem) e ver o campo options abaixo de você provavelmente terá algo parecido com user,noexec e você desejará manter quaisquer opções que já existam, mas adicione ro (para leitura) à lista de opções, por exemplo: user,ro,noexec
Após uma reinicialização, você deve conseguir ler, mas não gravar suas partições NTFS e, portanto, elas também devem estar protegidas contra corrupção. Como mencionado, um cartão de memória USB ou partição formatada em FAT32 deve ser segura para os arquivos necessários para ambos os sistemas. O Dropbox também é uma possibilidade para manter os arquivos sincronizados entre os sistemas.
Um pouco de informações sobre por que você pode estar recebendo a corrupção:
O Windows e o Linux em execução em um sistema são uma mistura de problemas em relação ao trabalho com dados em ambos os sistemas operacionais. A Microsoft não deseja, e não há motivos reais, fornecer à comunidade de código aberto detalhes do funcionamento interno do sistema de arquivos NTFS. Isso tende a significar que as implementações do Linux podem ser incompletas ou carentes de recursos, embora elas tendam a alcançar rapidamente as mudanças.
Com cada atualização sucessiva para o Windows, a Microsoft atualizou o sistema de arquivos e o Linux foi deixado em uma corrida para tentar alcançar e suportar recursos para pessoas que querem poder usar os dois sistemas de uma só vez. Portanto, embora o Linux possa ler e gravar com segurança as partições NTFS do Windows XP, ele pode não ser tão confiável quanto as partições NTFS do Windows 7. Também é possível que diferentes versões do Linux tenham versões diferentes dos drivers NTFS, o que poderia ser o motivo de o Ubuntu estar bem, mas o Mint não, embora se você estivesse usando o XP com o Ubuntu, poderia ser por isso que eles estavam felizes.
Eu usei o Linux no passado e sempre que eu compilei o kernel onde as opções do NTFS são, você realmente teve que habilmente ativar o suporte ao NTFS Write, pois ele estava marcado como experimental e potencialmente perigoso (como você descobriu).
O FAT32 é um sistema de arquivos maduro, bem definido e que não muda há muitos anos, então o suporte ao Linux é muito bom.
É perfeitamente possível que, após uma atualização no futuro, você possa ler e gravar partições NTFS sem qualquer receio de que isso aconteça, mas a Microsoft está propensa a caprichos e pode facilmente quebrar novamente o suporte no futuro.