Isso soa como um experimento realmente interessante. Todas as partes estão disponíveis, embora eu não conheça ninguém que tenha costurado juntas. Primeiramente, eu usaria a abordagem do consórcio biométrico x.509 .
Efetivamente, o que você fará é criar uma chave privada criptografada usando uma chave gerada a partir de sua impressão digital; depois, usando essa chave, uma vez descriptografada, como uma chave privada padrão x.509. Isso significa que você não precisará modificar o OpenSSH tanto quanto fornecer um método personalizado para fornecer a chave privada a ele.
Infelizmente, o OpenSSH não suporta a autenticação x.509. No entanto, Roumen Petrov corrigiu esse aqui .
Eu fiz as duas coisas de forma independente e eles funcionam bem - eu não tentei colá-los juntos. Eu suspeito, como você alude, pode não valer a pena o esforço.