Primeiro, modificar seu $PATH dessa forma é uma alteração temporária para sua sessão de terminal atual. Outras sessões de terminal simultâneas ou posteriores não verão essa alteração refletida. Adicione o comando ao seu arquivo ~/.profile se quiser para persistir.
Em segundo lugar, o comando which foi projetado para pesquisar os diretórios no seu $PATH . Se o link para "molden" não estiver no seu $PATH ou (no seu caso) o $PATH for revertido, ele não o encontrará. Veja a página de manual which para mais detalhes.