Uma causa comum disso é desvincular uma conta do Dropbox com um sistema e, em seguida, vinculá-lo a outro. Ao fazer isso, o usuário é solicitado se deseja reutilizar a pasta existente. Se isso for feito, qualquer conteúdo restante do usuário mais antigo será mesclado na conta do novo usuário.
Como os comentários sugerem que você não pode encontrar arquivos e eles não são exibidos no site do Dropbox, existe a possibilidade de que metadados aleatórios ou outras informações ocultas sejam descartadas do Dropbox com esses arquivos. Uma maneira fácil de resolver isso é simplesmente desinstalar o Dropbox e reinstalar, bem como garantir que a pasta que ele usa seja excluída e criada como nova (certifique-se de fazer o backup de qualquer coisa sua antes).