O fator mais importante é a compatibilidade.
Você não adquire esse RAM DDR3 super-rápido se a placa-mãe que você selecionou só suporta DDR2. O seu novo Core i7 topo de linha não funcionará tão bem se a placa-mãe estiver esperando por uma atualização de firmware antes de suportá-la. Sua nova placa de vídeo estará sem água se precisar de um conector de alimentação de 6 pinos que não esteja incluído na sua fonte de alimentação, e sua nova RAM de 2 GB para 6 GB será um problema se você estiver executando um sistema operacional de 32 bits ou você comprou ram incompatível do que você tem que o força para o modo de canal único. Existem potencialmente centenas de problemas como este em qualquer build, e você tem que combinar todos eles para obter o melhor sistema para seu dinheiro.
Depois de acertar, você pode começar a se preocupar com coisas como estética, custo, nível de ruído, etc.