O layout do teclado está contido na chave de registro HKEY_CURRENT_USER\Keyboard Layout
.
O item REG_SZ "1" contém o primeiro layout, "2" o segundo, etc.
O artigo Layout do Teclado do Windows lista a maioria dos IDs de teclados.
Você também encontrará seus IDs de layout acima definidos como subchaves da chave de registro em HKEY_LOCAL_MACHINE\System\CurrentControlSet\Control\keyboard layouts
.
Analisando suas informações de registro:
Preload
determina quais layouts de teclado estão presentes no botão de alternância do teclado (na parte inferior direita da barra de tarefas) e o número determina a ordem. Você tem dois deles: d0010409 = Inglês Dvorak e 00000409 = Inglês dos EUA.
Esta ordem de lista não significa muito mais que isso.
Substitutes
mapeia o valor d0010409 para o layout 10409 que também é Dvorak. Presumo que a alteração da metade superior do código-chave não seja significativa e esteja mapeada corretamente pela seção de substituições.
O que falta é talvez a substituição que mapeia 00000409 (EUA) para 00010409 (Dvorak). Isso pode ser feito inserindo-o manualmente ou pelo comando:
reg add "HKCU\Keyboard Layout\Substitutes" /v 00000409 /d 00010409
Ao alterar o registro, tome as devidas precauções: Crie primeiro um ponto de restauração do sistema e também exporte toda a chave do Registro.