É possível que o wget esteja demorando para baixar alguns dos arquivos. Há algum processo wget / xargs na memória durante o período em que parece estar suspenso? Em caso afirmativo, são os 50 processos completos que você alocou com o sinalizador -P50 para xargs ou, de alguma forma, aumentaram esse número ou menos que esse número e nenhuma nova instância está sendo gerada corretamente? Embora esteja sendo executado sob o cygwin, dê uma olhada na lista de processos no próprio windows, já que cada download do wget deve iniciar uma instância no gerenciador de tarefas.