Eu me deparei com um problema várias vezes em que as atualizações do Windows tentam instalar o IE8 em clientes XP enquanto o IE ainda está em uso. Ele tem um efeito semelhante ao que você está descrevendo, aparecendo para corromper várias entradas do Registro e arquivos críticos do IE no processo.
Isso provavelmente impossibilitará a desinstalação do IE, mesmo com as ferramentas disponíveis da Microsoft, se o seu problema estiver relacionado (já que essa ferramenta depende de um registro não corrompido). A única solução para esse problema que considerei corrigir é baixar uma cópia do IE da Microsoft usando um navegador diferente e instalá-lo diretamente em cima de qualquer instalação existente do IE que possa existir, o que deve corrigir qualquer dano que possa ter ocorrido .
Você deve conseguir localizar a versão mais recente do IE para suas máquinas aqui: link
Isso pode parecer autoexplicativo, mas certifique-se de estar logado como administrador local ou do domínio ao fazer isso, caso contrário, os arquivos de registro não serão gravados corretamente.
Espero que isso tenha ajudado.