Você pode inicializar um subdiretório substituindo o seu sbin init por um script que usa o pivot_root, o processo é incompleto e várias pessoas relataram falhas, tanto quanto sucede. Então experimente e veja, mas mantenha um CD ao vivo caso seu sistema não seja inicializado.
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O que podemos fazer é um sistema automático para poder inicializar várias raízes na mesma unidade. Deve ser programaticamente possível fazer.