Uma vantagem do Linux que eu particularmente gosto, é que os aplicativos se tornam parte do sistema, como o próprio sistema consiste essencialmente em diferentes aplicações (ou pacotes, em vez disso). Ou seja, pelo menos enquanto os aplicativos forem instalados através do gerenciador de pacotes do sistema. A vantagem é que tudo é atualizado através do mesmo sistema.
Vindo do World of Windows, onde cada aplicativo é uma entidade separada, distinta do sistema em si, isso levou um certo tempo para se acostumar. Eu queria que meus aplicativos entrassem em alguma pasta "Programas" e ficassem lá. Mas depois de algumas atualizações do sistema que não apenas atualizaram meu sistema , mas todos os meus aplicativos , percebi que não haveria mais auto-atualizadores peculiares para cada aplicação, não há necessidade de executar uma "verificação de atualizações" de algum menu, não mais baixar e instalar patches manualmente. Eles apenas atualizam. Bem desse jeito. Você tem uma pequena amostra disso no Windows atualmente, pois o Office se atualiza por meio da atualização da Microsoft. Agora pense nisso para todas as aplicações.
A desvantagem é que você pode ter que mexer com repositórios de pacotes, que ainda tem algumas peculiaridades. Você pode ignorar isso desde que você use aplicativos que estão disponíveis nos repositórios de distribuição gerais - e a maioria é, na verdade - mas se o aplicativo não estiver lá, você precisará adicionar seu repositório para que ele fique disponível. Além disso, pelo menos com o Ubuntu, há um grande atraso até que versões completamente novas de aplicativos, como o OpenOffice 3, sejam disponibilizadas a menos que você adicione seus próprios repositórios. Espero que adicionar repositórios algum dia se torne tão fácil quanto adicionar aplicativos, e podemos esquecer toda a confusão sobre manualmente baixar e adicionar chaves de autorização e tudo mais.