Você pode verificar o arquivo em outro caminho, como no diretório atual
git checkout -- <path>/<file>
No seu caso, deve ser
git checkout -- C:/Csmart/files/companies/19/migration/CompanyDataEntry.xls
Você também pode especificar um diretório para extrair seu arquivo
git checkout-index --prefix=destination/path/ C:/Csmart/files/companies/19/migration/CompanyDataEntry.xls
Se isso não ajudar, basta exportar todos os arquivos para um novo diretório
$ git checkout-index --prefix=git-export-dir/ -a
Para mais informações, consulte a documentação do git checkout-index