Sim, isso faria diferença.
O USB 2 tem um máximo teórico de 480 Mbit por segundo. A largura de banda disponível real é de cerca de 30-40MB / s, dependendo dos chips e dos drivers usados. Parte disso se deve a 10% da largura de banda reservada para a comunicação USB1, em parte porque o protocolo USB tem muita sobrecarga.
O SATA é menos flexível (por exemplo, você só pode conectar discos rígidos, multiplicadores de porta e CD / DVD / BR-ROMS), mas tem muito menos sobrecarga. Ele também funciona a uma velocidade muito maior (SATA-II a 3,0 Gbit por segundo). O resultado é uma capacidade máxima em torno de 270MB / seg. (Valores de teste reais de uma unidade ICH9 e SATA em sites de tecnologia).
35MB / seg. contra 270MB / seg. Isso faz com que o SATA-II seja 7 vezes mais rápido do que o throughput sozinho.
E como também há menos sobrecarga, a latência também será menor.
TLDR; Conecte-o via SATA. Ou se você quiser externamente, obtenha uma conexão eSATA.