Se é mpeg2 você pode usar o gopchop
gopchop - Fast, lossless cuts-only editor for MPEG2 video files
Acho que o avidemux também pode fazer isso
avidemux - a free video editor - GTK version
basicamente você faria seus cortes e salvaria o arquivo de saída e o informaria para 'copiar' em vez de recodificar qualquer coisa ...
da linha de comando você pode usar mencoder ou ffmpeg da mesma maneira. Especifique os horários de início e término, mas use 'copy' para os codecs .. algo como ..
ffmpeg -vcodec copy -acodec copy -ss xxx -t xxx ...