A lista de repositórios abertos recentemente é armazenada na configuração como gui.recentrepos .
Visite link para obter mais informações sobre onde os arquivos de configuração são armazenados.
Por exemplo: no meu arquivo de pasta %HOMEPATH%
.gitconfig
(msysGit 1.8.1):
[gui]
recentrepo = C:/one
recentrepo = C:/two
E em C:\Program files\Git\etc\gitconfig
não há configuração de gui.recentrepo , apenas configurações globais.