Definitivamente, há algo errado com o seu arquivo. Pode ser mais fácil copiar as 100 linhas que você deseja manter para um novo arquivo de pasta de trabalho, em vez de tentar excluir um milhão de linhas .
Uma pesquisa por duplicatas em todo o documento encontrou e removeu mais de 1 milhão de duplicatas. Portanto, há caracteres ocultos ou algo que ocupa espaço nessa pasta de trabalho. Isso ainda não ajudou, porque o tamanho para salvar depois disso subiu para 35MB.
Solução: Depois que copiei as linhas que você preencheu para uma nova pasta de trabalho, o tamanho do arquivo salvo é de apenas 10K.