Você pode instalar uma ferramenta de linha de comando de terceiros para alterar resoluções de tela como NirCmd (nunca usei, mas parece legal) e adicione um comando de alteração de resolução ao atalho da área de trabalho usado para iniciar o programa. É claro que uma vez que o programa fecha, você ainda terá a nova resolução em execução e terá que alterá-la manualmente.
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Faça o download da NirCmd no link
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Clique com o botão direito no atalho que você deseja editar e altere as informações de localização para algo como isto:
C:\Windows\System32\notepad.exe /k nircmd.exe setdisplay 1024 768 32
Você precisará substitar a parte C:\Windows\System32\notepad.exe
da localização do arquivo .exe do programa que o atalho abrir e 1024 768
da resolução desejada.