Eu uso o Adobe Acrobat 8 Professional (a versão atual é Adobe Acrobat X ). Ele tem uma opção de menu File... Create PDF... From Web Page...
que me pede um URL, depois ele baixa a página no URL como um arquivo PDF, com texto pesquisável. Ele também converterá páginas vinculadas a essa página, de forma recursiva. Você pode acabar com muitas páginas HTML em um arquivo PDF de várias páginas, com links entre páginas preservados.
Para algumas páginas da Web, o Acrobat Create PDF obtém a formatação errada. Nesse caso, volto ao driver de impressora Adobe PDF 8.0
que o Acrobat 8 Professional instalou no meu sistema. É muito bom dar-me um equivalente em PDF da página da Web que estou vendo, com texto pesquisável.
O Adobe Acrobat 8 Professional não é software livre. É um software proprietário de preço integral. No entanto IMHO, ele merece tanto um lugar no computador de cada trabalhador do conhecimento como o Microsoft Office. E você não especificou que insistiu em uma maneira de software livre para converter uma página da Web em PDF pesquisável.