Você pode instalar o ImageMagick para criar um pequeno script em lote
example.bat:
convert yourpdf.pdf tempfile.png
convert -crop widthxheight+xoffset+yoffset *.png
convert *.png newpdf.pdf
Este script converte temporariamente as páginas em pdf em uma série de imagens. Em seguida, recorte todas as imagens (especifique sua largura, altura, deslocamento x e deslocamento y) Em seguida, remonta todas as páginas para o novo arquivo pdf.
Para mais informações sobre o ImageMagick: link