Estranho, houve uma resposta que teve a parte recursiva.
Bem, por Como fazer um loop por meio de correspondência de arquivos Curinga no arquivo em lote , consegui isso. Aqui está como foi realizado:
cd path_to_root
for /R %%f in (*.tif) do (
"C:\Program Files\ImageMagick-6.7.6-Q16\convert.exe" -compress LZW
-colorspace Gray -colors 32 "%%f" "%%f"
)