Não. Para implementar o mouse-select-pane, o tmux deve capturar o mouse do terminal (como qualquer outro aplicativo de terminal que suporte o mouse). Na maioria dos terminais, incluindo a massa, isso significa que você precisa usar shift para copiar e colar padrão. É impossível ter o painel de seleção do mouse e a área de trabalho da área de trabalho sem turno.
No entanto, o tmux de desenvolvimento mais recente (no repositório Subversion) suporta o uso do mouse para copiar diretamente no buffer de pasta tmux (com a opção mode-mouse ativada). Ele também suporta a sincronização com a área de transferência do terminal em alguns terminais (xterm, pelo menos, embora eu não tenha certeza sobre o putty).