Crie alguns arquivos idênticos:
$ echo hello > file1.test
$ echo hello > file2.test
gzip-los ...
$ gzip file1.test
$ gzip file2.test
observe o campo de timestamp como a única diferença:
$ hexdump file1.test.gz
0000000 8b1f 0808 TIME STMP 0300 6966 656c 2e31
0000010 6574 7473 cb00 cd48 c9c9 02e7 2000 3a30
0000020 0636 0000 0000
Para mais informações sobre o timestamp, consulte a RFC
Agora, você pode pegar um MD5 que inicia após o byte 8, zero esses quatro bytes em seus arquivos e perder seus timestamps, ou extrair o CRC16 desses gzips (veja também o RFC para informações sobre como extrair isso)
Ou você pode salvar sem o timestamp:
$ echo test > file1.test
$ echo test > file2.test
$ gzip -n file1.test
$ gzip -n file2.test
$ md5sum file1.test.gz
cfe4ddf1c4c3891b4ff4a1269b42db82 file1.test.gz
$ md5sum file2.test.gz
cfe4ddf1c4c3891b4ff4a1269b42db82 file2.test.gz