O segundo pecado mais cometido são os aplicativos que gravam na seção LOCAL_MACHINE do registro do Windows. Qualquer aplicativo pode ler aqui, mas para escrever aqui é necessário ter privilégios de administrador. Os aplicativos só devem salvar suas configurações de usuário na seção CURRENT_USER do registro, como um usuário normal pode escrever aqui.
Se estiver gravando seus próprios dados de configuração em LOCAL_MACHINE, é provável que esteja fazendo isso em uma entrada com o nome dela (ou da empresa) em HKEY_LOCAL_MACHINE \ Software \ AppName
Para corrigir isso, você pode clicar com o botão direito do mouse na chave do Registro (pasta) com o nome do software, selecionar segurança e, em seguida, atribuir permissões à sua conta de usuário ou à conta Todos.
Para solucionar problemas com aplicativos executados como um usuário padrão Sysinternals (agora Microsoft) Process Monitor é inestimável, é uma ferramenta incrivelmente poderosa e permite monitorar absolutamente tudo o que está acontecendo no seu PC. Um tutorial sobre como usá-lo não se ajusta aqui, mas você deseja definir um filtro para o aplicativo em que está interessado e, em seguida, filtrar a permissão e os erros de acesso.
Editado para corrigir a confusão do Process Monitor / Process Explorer