Este site sugere que você pode definir HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Internet Explorer\Security\DisableSecuritySettingsCheck
(DWORD) como 0x1 para eliminar a mensagem de erro.
O principal problema com o download e a execução de executáveis com o IE é que o diálogo de download pode ser induzido a acreditar que o arquivo não é um aplicativo, mas um documento (por exemplo, usando caracteres Unicode no nome que alteram a direção da escrita) de modo que cod.exe é mostrado como exe.doc) - especialmente desde que você pode alterar o ícone de arquivos exe facilmente. Portanto, o prompt extra para aplicativos faz sentido (você também pode configurar o mesmo prompt para unidades de rede ou removíveis). Se tiver certeza, você pode, naturalmente, desativá-lo. Ou use outro navegador que ignore caracteres de mudança de direção unicode em nomes que consistem apenas em letras ASCII (onde é inútil, a menos que em algumas línguas como árabe ou hebraico).