Eu tenho medo que o recurso de transparência esteja apenas no MacVim. Eu apenas usei o código-fonte para o Vim 7.3 (a última versão estável) e não encontrei nenhum traço de uma opção transparency
.
Uma possível solução é fazer isso via Compiz; procure o módulo que permite janelas transparentes: a partir daí, você poderá configurar uma regra especial para as janelas do Gvim.