Um filtro rotate
era adicionado recentemente ao FFmpeg, que permite rotação por um ângulo arbitrário. Para usá-lo, você pode construir a versão mais recente do git ou faça o download de um instantâneo recente.
O ângulo é especificado em radianos; positivo é no sentido horário e negativo no sentido anti-horário. Se você tem graus, multiplique por PI / 180 para converter em radianos. Por exemplo, para girar 3 ° no sentido anti-horário:
ffmpeg -i in.mp4 -vf "rotate=-3*PI/180" out.mp4
Confira a documentação para obter mais detalhes e exemplos adicionais.