Existem 2 motivos principais para instalar o Windows primeiro:
1 - O gerenciador de inicialização
Configurar o carregador de inicialização do Windows para carregar o Linux é uma dor real na bunda. Ele sobrescreve completamente qualquer gerenciador de inicialização que já esteja lá, portanto, se você já tiver o Linux instalado, não poderá mais inicializar o Linux sem ter que ficar por horas ou reinstalar o Grub a partir de um CD de inicialização.
A maioria das distribuições Linux, no entanto, irá configurar automaticamente o Grub para incluir a sua instalação do Windows, dando-lhe acesso fácil ao Windows sem qualquer confusão.
2 - truques de distro
Algumas distribuições Linux detectam automaticamente que você tem o Windows instalado e lhe dá a opção de importar contas de usuário, configurações e arquivos para sua nova instalação Linux.