Basicamente, você plota superfícies com o comando splot . data_file contém seus pontos de dados de exemplo.
gnuplot> splot 'data_file'

Comovocêquerumasuperfíciesuave,vocêprecisaespecificarquedesejaqueognuplotinterpoleosdados.Aquiestáumexemplo,veja
gnuplot> set hidden3d
gnuplot> set dgrid3d 50,50 qnorm 2
gnuplot> splot 'data_file' with lines
Existem muitos parâmetros que você pode ajustar, por exemplo qual função de interpolação é usada. Como é muito difícil abordar todos aqui em uma resposta geral, quero recomendar começar com a documentação sobre splot e set dgrid3d .