Eu uso o rcconf para desabilitar alguns (não todos) serviços:
sudo apt-get install rcconf
sudo rcconf
Para outros serviços (dependendo se eles usam init ou upstart) eu uso o bum (Boot Up Manager):
sudo apt-get install bum
gksu bum
Note que este segundo requer uma GUI. Se alguém puder apontar um equivalente de terminal, isso o ajudará. Você também pode usar o comando service para iniciar, parar, reiniciar ou configurar daemons (serviços):
sudo service <nameoftheservice> <options>
man service # To get a manual about how to use it.