Tente usar ntfsfix
, que fazia parte do antigo pacote ntfsprogs e agora está localizado na pacote ntfs-3g (que você já pode ter instalado).
Este é um utilitário de linha de comando que tenta corrigir problemas comuns de NTFS. Já faz um tempo desde a última vez que usei, mas deveria fazer seu trabalho simplesmente digitando:
sudo ntfsfix /dev/sdb1
Ele também oferece uma opção específica para limpar o sinalizador "sujo" na partição:
sudo ntfsfix -d /dev/sdb1
que pode ou não ser necessário além do primeiro comando. Dê uma olhada em man ntfsfix
para mais informações.