Porque há um conflito entre o Nautilus Elementary e o Compiz.
Solução:
- No Nautilus: selecione o menu Editar- > Preferências- > Ajustes - > em Aplicativo, desmarque a opção "Ativar transparência rgba".
- No CCSM: Habilite o Windows Decoration, na linha de sombra do Windows, substitua "any" por "any (class = Tooltip | Menu | PopupMenu | DropdownMenu | Unknown)" (sem as aspas).
- Se ainda não houver sombra, reinicie o Nautilus digitando esta linha no Terminal: "nautilus -q" (sem aspas).
Espero que seja útil para alguém que precisa!