Encontrei a resposta para as minhas soluções em esta postagem do blog .
"Primeiro, localize o arquivo chamado passwd no seu diretório C:\path\to\cygwin\etc e abra-o com o Wordpad. Segundo, substitua o texto /home/YOUR_NAME por /cygdrive/c/Documents and Settings/YOUR_NAME . Por fim, salve o arquivo."
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Algumas pessoas relataram que adicionar% USERPROFILE% como um valor a uma variável de sistema chamada "HOME" funciona.