Parece que o mogrify do ImageMagick 6.9.9.19 grava o resultado no mesmo diretório que o arquivo de entrada, então você pode usar este comando:
find . -name '*.NEF' -exec mogrify -format jpg {} +
Explicação:
-
-name '*.NEF'
localiza todos os arquivos *. NEF ; use-iname
se você quiser que a pesquisa seja insensível a maiúsculas e minúsculas. -
-exec ... {} +
executa o comando em todos os arquivos correspondentes. Uma alternativa seria combinar encontrar com xargs .