Bem, ainda pode haver uma lixeira não vazia. E a pasta System Volume Information, que (para discos do sistema) contém instantâneos de recuperação que podem ficar bastante grandes. Afora isso eu realmente não sei. Pode acontecer, no entanto, que a quantidade de espaço livre não seja precisa devido a alguma corrupção do sistema de arquivos. Na maioria das vezes, isso é inofensivo, mas a execução de chkdsk deve corrigi-lo.
Em qualquer caso, se você deseja instalar outro sistema operacional nele, sugiro que você formate a unidade para iniciar com uma partição limpa para o novo sistema operacional. Então você também sabe exatamente que nada mais está lá: -)
ETA: kquinn fez um bom argumento: A Tabela de Arquivos Mestre (MFT) pode ficar muito grande se você tiver lotes de arquivos naquele disco. Ele ocupa um pequeno espaço + cerca de 512 bytes por arquivo. Mas para isso, para preencher 9 GiB, você teria quase 19 milhões de arquivos. Eu sei que tenho regularmente algumas centenas de milhares, mas isso parece improvável. Especialmente porque todos esses arquivos provavelmente não são apenas 1 KiB cada.