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Atualização:
Você também deve considerar o Internet Security / Antivírus que você instalou e está executando em seu sistema. Estes terão um impacto, esperançosamente pequeno, mas significativo no desempenho do seu sistema. Você pode ajustar as configurações sobre isso, uma das principais que terão atividade significativa é a verificação em segundo plano. Eu usei o AVG, McAfee e Norton, e o Norton parece fornecer a visão mais transparente sobre o que está fazendo, pois tem seu próprio gerenciador de tarefas e gráfico de uso de recursos ao longo do tempo. Eu não trabalho para nenhum deles, mas eu recomendaria o Norton à McAfee, já que a McAfee, misteriosamente, periodicamente atrasou gravemente a minha máquina por um minuto ou mais em algumas ocasiões.
Atualização 2:
Você disse:
"you can run 16 billion instructions a second, what are you doing that keeps you from responding to my mouse click."
Apenas mais um comentário. A atividade de computação pode ser descrita como dividida em dois tipos: limite de cálculo e limite de E / S. Compute-bound é onde a atividade é maioritariamente ou todos os cálculos, IO bound é onde a atividade é maioritariamente ou de todo o acesso a dispositivos de saída de entrada, como discos rígidos, outros periféricos, como uma rede. Atividades úteis raramente são uma ou outra, já que você não pode fazer apenas IO sem usar computação para torná-la útil e, se você não tiver nenhuma IO, não terá nada para computar. No seu caso, parece que as atividades envolvem um componente IO - acessando o disco rígido, que é o componente mais lento.
Atualização 3: McAfee, por exemplo, parece que o Norton tem sua própria versão disso, para a minha descoberta recentemente, embora eu não esteja vendo tanto quanto eu tive com a McAfee. O porco da CPU do Norton é discutido aqui: link "Problema de uso da CPU ccsvchst.exe". Então pensei que eu mencionaria para fornecer uma opinião equilibrada. No entanto, eu ainda recomendaria o Norton, já que, da minha experiência, minha versão mostra estatísticas detalhadas de uso de recursos que explicariam sua pergunta original se você instalasse o mesmo.