Tente compactá-lo.
Eu acredito que o formato .pst é muito parecido com os bancos de dados nos quais os registros removidos são "marcados para exclusão" em vez de serem excluídos fisicamente. Isso é feito porque diminuiria muito as coisas para reescrever todo o arquivo .pst toda vez que um email fosse excluído.
Assim, os espaços onde seu email arquivado existia no antigo .pst são marcados como vazios e serão usados para armazenar novos dados, mas esses espaços não foram removidos. A compactação remove o espaço vazio.