O que você deseja fazer é chamado de 'edição de registro off-line'. Você pode carregar as seções do registro da unidade de disco rígido antiga em seu editor de registro. Aqui está um tutorial:
Carregar seção de registro para edição de registro off-line
No entanto, eu recomendo usar o BartPE em vez da sua instalação atual do Windows para fazer isso:
Como editar o registro offline usando o CD de inicialização do BartPE?
O BartPE reconhecerá sua unidade de disco rígido USB externa conectada.