Veja como eu faço:
1) Verifique se o VHD está desligado (o status deve estar desligado)
2) Na pasta Máquinas Virtuais, clique com o botão direito do mouse na Máquina Virtual
3) Clique em Configurações no menu
4) Selecione o HD em questão e clique em Modificar
5) Selecione a opção Compactar