Também sou um grande fã do ManicTime, embora a falta de hierarquia de tarefas tenha me incomodado também no começo. Não sei se seria bom o suficiente para o que você precisa, mas o ManicTime tem um recurso de exportação - você sempre pode fazer uma finalização do dia em vez de interromper seu fluxo de trabalho quando muda de contexto.
Eu descobri que a melhor combinação é organizar tarefas no papel no início do dia, registrar o tempo invisivelmente com o ManicTime e marcar as tarefas conforme eu for. Baixa sobrecarga e baixo estresse.
[Editar] Na verdade, eu uso uma variação da Técnica Pomodoro , que vale a pena investigar se você precisa seguir um caminho tempo e ficar na tarefa. O livro em PDF em seu site faz alguns bons pontos sobre rastreamento de tarefas e sobrecarga ... basicamente, os retornos para o rastreamento de tarefas minuto a minuto não valem o esforço extra. Contanto que você possa aproximar esse nível de manutenção de registros, ele tende a ser "bom o suficiente" para a maioria das pessoas. A menos que você fature a cada minuto, é claro. :)