O problema foi com a minha partição EFI.
Como o Comando da Frota mencionou, a clonagem do disco rígido não foi suficiente. Tentei marcar a partição do sistema como ativa, mas isso não ajudou, já que meu novo disco rígido foi originalmente particionado como GPT, não como MBR.
Para corrigir o problema, usei a resposta da BillyGun daqui: link
Windows 10 Installation Media:
Insert the Media (DVD/USB) in your PC and restart.
Boot from the media.
Select Repair Your Computer.
Select Troubleshoot.
Choose Command Prompt from the menu:
Type in the command:
Diskpart
Type in the command:
List disk
(Note which disk is your Boot drive number mine is 0)
Type in the command:
Sel disk 0
Type in the command:
List vol
(Note which volume is the EFI partition mine is 4)
Type in the command:
Sel vol 4
Type in the command:
assign letter=V:
Type in the command:
Exit
Type in the command:
V:
After you have assigned a drive letter Using Diskpart You can format the EFI partition:
Example: if you assigned a letter V to the partition the command would be:
format V: /FS:FAT32
After the format you need to recreate the EFI directory structure with the command:
MD \EFI\Microsoft\Boot
Then change to the Boot directory with:
cd /d V:\EFI\Microsoft\Boot\
Then run:
bootrec /FixBoot
Finally run:
bcdboot c:\Windows /l en-us /s V: /f All
Type in the command:
bcdboot C:\windows /s V: /f UEFI
(This replaces the above crossed out lines and works in Win 10 1709)
Na verdade, acabei pulando a formatação e recriando a estrutura EFI desde que eu já tinha a partição lá.