Há um modelo do helpdesk para o SharePoint lançado pela Microsoft. É um modelo de administrador, o que significa que é necessário um administrador no servidor Sharepoint para instalar. As instruções estão nessa página e são bastante simples.
Pessoalmente, eu não estou apaixonada por sua aparência, mas isso pode ser personalizado se você tiver alguém bem versado no Sharepoint. Funcionalmente é muito bom. Minha empresa tem 35 funcionários e tenho a sensação de que é destinada a uma base de usuários muito maior. Eu ficaria curioso para saber como funciona com 50 mil usuários.