Encontrei uma resposta útil para essa pergunta aqui: link
Em suma, a principal diferença é que, com o exclude, o arquivo não é enviado, mas o destinatário é notificado de que existe tal arquivo e não deve excluí-lo se uma das opções de exclusão for usada. Por outro lado, quando o arquivo está oculto, o remetente o ignora completamente, o que significa que o destinatário não tem nenhuma informação sobre a existência do arquivo.
Em outras palavras, quando você simplesmente exclui um arquivo, ele é protegido, ao passo que quando você o oculta, não é. (A menos que você substitua esse comportamento por --delete-excluded
.)