chave xdotool Num_Lock
É a resposta (a mais fácil de encontrar); invertendo o estado, ele também fornece um caminho para pesquisar (xinput e modificar um estado de teclado escravo) se você realmente quer apenas definir um status de led.
Eu também encontrei o LED do teclado NumLock e o estado X11 diferindo recentemente (acontece com áreas de trabalho remotas, jogos, etc.)
Esta referência explica o que está acontecendo, e quase tem a solução completa (mas tem um erro de digitação, você precisa de Num_Lock não Num_lock).