Considerando que você ainda está usando a versão 1.10.2, você pode estar enfrentando um bug que foi corrigido na versão 1.12 de agosto de 2009. Você realmente deve considerar a atualização, especialmente desde que a versão mais recente é 1.13.4, lançada perto de setembro , 2011.
De qualquer forma ... o bug em questão é assim: bugGNU Wget - Bugs: bug # 26775, Salvar cookies de respostas não-200 , que envolvem NÃO salvar cookies quando receber um código de erro de retorno não-200.
É bem possível que suas solicitações que não sejam de depuração estejam sendo armazenadas em cache ou algo assim, ou envolvam um redirecionamento 302 ... e todas elas fazem com que a solicitação retorne um código de retorno diferente de 200. Sua saída de depuração mostra códigos 200-OK ... você usou exatamente a mesma linha de comando para executar a solicitação de depuração do que ao fazer a solicitação 'normal'?