O fato de você poder clonar a 15 MBs da VM gitlab torna isso muito provavelmente um problema com a camada de abstração de rede do hipervisor.
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Teste se todas as conexões de rede estão lentas enviando raw dados entre 2 VMs linux.
Na VM secundária do Linux, execute:
nc -v -l -p 4321 > /dev/null
Na execução da VM do gitlab:
dd if=/dev/zero bs=1024K count=512 | nc -v $IP_OF_FIRST_MACHINE -p 4321
Isso mostrará a velocidade da sua rede. Provavelmente, isso será lento
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Desligue o VMQ no hipervisor
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Experimente desativando quadros jumbo (MTU > 1500)
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Por fim, tente fazer um tcp dump a partir do wireshark dentro do gitlab vm. Veja se há erros que saltam para fora