Para copiar uma VM inteira com seus instantâneos e tudo, a única maneira que conheço é copiando a pasta inteira da VM. Fechar a pasta com 7z reduzirá o espaço em disco para transferir.
Se necessário, a VM com seus instantâneos pode ser clonada com outro nome por:
[right-click] VM -> Clone... -> [button] Next -> [radio button] Full clone -> [radio button] Everything -> [button] Clone
Veja o artigo Mover uma VM do VirtualBox com instantâneos para um write-up detalhado.