Conheci o mesmo problema com duas chaves USB diferentes no Windows 7 e no XP. Eu posso confirmar a informação de minya.
Eu verifiquei se funciona com um tipo de partição 'HIDDEN' para a primeira partição, mas não: mesmo assim, apenas a chamada partição "oculta" é utilizável nas duas versões do Windows (a ferramenta de gerenciamento DISK mostra todas as partições, mas não leia o sistema de arquivos da partição 2 e mais).
Existe uma solução para versões de 32 bits deste sistema operacional limitativo: Ativando Múltiplas Partições no Armazenamento USB Removível
EDIT: Aqui está uma ferramenta que faz o trabalho em segundos (32/64-bit Windows OS, GPL): RMPrepUSB. Em seu tutorial , aponte “4a. Use RMPrepUSB »sozinho faz bem o trabalho. Se você sabe como trocar partições visualizadas pelo Windows em * nix, por favor, compartilhe-as:)