Para o primeiro ponto:
Is it possible to do a yaourt -Syu but only including packages from core/extra or what I want?
De acordo com a documentação, pacman (ou yaourt neste caso) tentará ler pacman.conf cada vez que for invocado. Então, você tentou comentar as seções que não deseja que sejam atualizadas?
Para o segundo ponto:
How to update single packages?
yaourt -U <package>does not work (could not find or read package). Do I have to useyaourt -S <package>?
O comando de instalação do Pacman -S é, na verdade, uma sincronização. Instalar ou atualizar são feitos da mesma maneira:
$ pacman -S <package>
Ou:
$ yaourt -S <package>