Tecnicamente, sim, o MBR e o GPT são armazenados em locais diferentes.
Praticamente todos os discos GPT têm um MBR especial "protetor". É possível ter um disco "híbrido" apenas escrevendo partições regulares no MBR em vez do "GPT protetor" partição.
Normalmente, pode ser muito irritante e arriscado manter as duas tabelas sempre em sincronia.
Veja o artigo MBRs híbridos: o bom, o mau e o tão feio que você vai arrancar os olhos por Rod Smith para a descrição muito canônica.