A instalação do wubi não exige que você crie partições - essa é uma distinção importante. O sistema de arquivos sob uma instalação do wubi está contido em um único arquivo.
Por causa do emulado filesystem-in-a-file, pode haver diferenças de performance, e falta de alguns recursos como o Hibernate.
Nada é emulado (exceto o sistema de arquivos, onde um arquivo é montado em um dispositivo de loop) sob o wubi. O Ubuntu tem acesso nativo completo a todo o seu hardware, em contraste com a VM, onde todo o sistema é emulado.
What makes it so special?
O que o torna tão especial é que você pode instalar um SO como qualquer outro aplicativo do Windows, experimentá-lo, conhecê-lo, experimentá-lo e, em seguida, se não quiser usá-lo - apenas Desinstalar.
Por outro lado, se você instalar através do modo "normal", existe o gerenciamento do gerenciador de inicialização, criando e gerenciando partições adicionais, diferentes tipos de partições e, em seguida, tentando removê-las, pode ser bastante assustador.