Eu nunca vi configurações no xorg.conf afetarem o xsetwacom e até mesmo o site do projeto linux-wacom tem tutoriais para colocar comandos xsetwacom em xinitrc:
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Mas, não vejo razão para que essas configurações não sejam configuradas como plug-and-play com o sistema udev. Nós só precisamos de um desenvolvedor para escrevê-lo.